除了激光主炮，凤凰战列舰还装备了新的星际导弹“巨阙”导弹。上次和思金人，嗯，准确地说是和玩家天邪打了一仗，刘云发现他的星际导弹都是千吨级别的，因此，刘云也把巨阙导弹造得相当巨大，重达5000吨。为了不让它轻易被敌人拦截，刘云还特地为导弹设计了秘银装甲。导弹的秘银装甲是可选的，一般可以只用普通穿甲弹头，但若对方反导能力强，便要使用秘银装甲的巨阙导弹。巨阙导弹身长达到40米之巨，直径6米，而有五千吨的体重，这平均密度相当高，原因是装甲较重，适合作为穿甲弹。
射程方面也必须提高，至少要达到1000万公里，因为思金人的“飞弹虫”就有如此射程，不能吃射程的亏。在这么远的距离上，是需要空间波雷达制导的，否则命中率就会大为下降。
像“巨阙”这样的巨型导弹，只有大型战舰能够搭载并且发射，而凤凰战列舰就是极好的搭载平台。
实际上，如果凤凰战列舰只是装甲强大，攻击力强大，仅仅如此而已的话，还称不上“不死鸟”，要实现这个功能，就要做好人员逃命的措施。为此，刘云设计了一种微型虫洞，一端设在凤凰战列舰上，另一端则在母舰之上，一旦凤凰战列舰损毁严重，即将被击毁，那么舰上人员可以通过微型虫洞迅速转移到母舰之上。微型虫洞并不出奇，都是冲动，但这种微型虫洞的两个端口都可以跟随各自所在的舰只任意移动，就像绑定了一样。于是，这种微型虫洞就相当于“任意门”了。要使战列舰上大批人员迅速逃生，就不能只有一个任意门，必须每个舱室都拥有，至少重要的舱室都拥有任意门，以便让所有人都能安全撤离。
而人员撤离之后，凤凰战列舰如果被击毁，变成残骸，那么就会启动战列舰内剩余的夸克机器人，开始缓慢修复。如果能把残骸拖到一种移动战舰维修厂船坞母舰之中，就能迅速修复，并且重新投入战场使用，相当于凤凰涅槃了一次。如果敌人强到秒杀凤凰战列舰，那还是算了吧，这样的敌人是暂时惹不起的。
制造出凤凰战列舰之后，刘云立马安排一批鲲鹏母舰的武器操作手进行集训，重点训练他们的“首发命中”能力，这对新的凤凰战列舰十分重要。
除了战列舰，母舰的设计方案也要进行大规模改造，旧的鲲鹏母舰配置不合理，要被抛弃了，刘云重新设计了母舰，不再使用“鲲鹏”的名字，改称为“神龙母舰”。神龙母舰与凤凰战列舰，正好可以搭配。于是，这种命名方式被刘云一直沿用下去，现在生产的神龙母舰可以称为一代神龙，对应一级母舰，之后的则为二代、三代，等等。
对母舰的改造，首先要确定其功能，让其更加专业化。刘云设计了两种母舰指挥母舰和船坞母舰，前者是战场上的指挥核心，至于后者，则能够直接生产战列舰这样的大型战舰
一般来说，战列舰和母舰都非常庞大，都必须在专门的星际船厂中生产，这种船厂占地面积极广，而母舰一般只能生产护卫舰之类的小型舰只，最多能生产稍大的驱逐舰，战列舰是没法生产的。而刘云他们的技术比较独特，可以直接使用息壤核心生产，所占的地方不大。那么，船坞母舰基本上是一个巨大的空壳子，里面装满生产材料，还有一个巨型息壤核心，一次只能生产一艘战列舰，这已经是极限了。
至于指挥母舰，则在原有鲲鹏母舰的基础上进行改进，去掉激光主炮，只安装一些防御用的激光副炮。至于离子炮则保留了，虽然敌人基本都有磁场护盾，但有时候离子炮能发挥意想不到的作用，就像上次刘云用离子炮来清除妄图夺舰的思金人，以及用来清除前路的障碍。战列舰上是没有离子炮的，那会降低武器效率，所以只能让指挥母舰装备离子炮。
指挥的功能并不需要占用多少空间，那么，指挥母舰中的许多空间就可以用来生产护卫舰等消耗型小舰艇，以及装运登陆舰、陆战队，这是占领敌方行星必备的兵种。
而护卫舰，作为整支舰队的防卫力量，也需要用心去设计，因为星际导弹是重大威胁，如果护卫舰队做得好，那就可以拦截掉大部分的导弹，大大提高舰队的生存能力。
设计了凤凰战列舰之后，刘云他们再接再厉，设计了一种1000万吨级的护卫舰，名为“羽林”护卫舰。羽林护卫舰呈长梭形，身长600米，最大宽度80米，而最大高度为60米。与一般的战舰不同，羽林护卫舰不装备主战武器，因为它的任务不是战斗，而是防卫，因此，其上装备的防卫武器的数量极多
首先，护卫舰上装备了众多的反导激光副炮，这种副炮的口径达到30米，出射能量为30万吨每秒，与凤凰战列舰上的副炮规格一样。说实话，战列舰的副炮装在护卫舰上，也相当于主炮了。因此，这种激光炮的数量不可能多，一艘羽林护卫舰上仅有16门，四门为一组，分布在护卫舰的前、中前、中后和后部的上表面。这种反导激光炮用来防御5000吨级的星际导弹简直是轻而易举但其缺点是数量太少，一艘护卫舰仅有16门。不过一艘母舰所携带的护卫舰可以达到四百艘，加起来这样的反导火力也相当惊人了。
其次，护卫舰上海拥有“电磁近防炮”。电磁武器已经不新鲜了，现在的中国军队中到处都是电磁轨道炮，在地球上的射程能达到两千公里，在近地轨道中则能打到大半个地球，但是，其初速度大多在一万米每秒左右，这种速度在地球上是飞快了，但在宇宙中则是慢如蜗牛，有什么用呢如果要让电磁近防炮达到能够防御星际导弹的效果，那么出射速度应该达到数百到一千多公里每秒才行但是，电磁炮的加速轨道的长度有限，以普通超导磁体的磁感应强度，是没法加速到这么快的，那么，这就需要全新的超导体。
很幸运，刘云他们在丰富的异形核材料家族中发现了一种新型超导体磁曜石。这种磁曜石是常温超导体，其转变温度在50